Bonjour,
En fait il n'y a pas de fenêtre qui s'ouvre. Vous parlez certainement de la petite bulle d'information. Pour que cette bulle soit plus concise voire inexistante, il va falloir reprendre les fichiers sommaire.html, rubrique.html et plan.html pour y supprimer toutes les références aux title="#BALISE_SPIP"
Ensuite, c'est vrai que cette fonctionnalité de pouvoir placer des fichiers dans les rubriques n'a pas été utilisé dans BioSPIP (je trouve que ça contribue à bordeliser un site et publier un document sans l'expliquer est assez ridicule, d'autant plus que certains en profites pour créer pléthore de nouvelles rubriques alors qu'il suffirait qu'ils créent de simples articles).
Pour récupérer le code affichant le port-folio et les documents joints, je vous conseille de faire un copier-coller du code en question à partir du fichier /dist/rubrique.html qui contient les squelettes par défaut de SPIP et qui possèdent cette fonctionnalité.
Si vous n'y arrivez pas, je tâcherais de copier ici-même ce bout de code et vous dire exactement où il vous l'ajouter au fichier /squelettes/rubrique.html
Bien cordialement,